El vocalista de la banda Coldplay, Chris Martin, escribió "The Scientist" luego de escuchar la canción de George Harrison "All Things Must Pass". En una entrevista con la Rolling Stone, Martin reveló que mientras estaban trabajando en A Rush of Blood to the Head, sabía que le estaba faltando algo. Una noche, durante una estadía en Liverpool, Martin encontró un viejo piano desafinado. Quería trabajar en la canción de Harrison "Isn't It a Pity", pero no pudo. Cuando se le ocurrió finalmente la canción, pidió que se grabara. Poco después, una vez que la escuchó, dijo que la canción es "adorable". Martin la grabó en un estudio de Liverpool, al igual que todo el álbum A Rush of Blood to the Head.
Cuando fue entrevistado sobre la canción, Martin dijo: "Es sólo acerca de las mujeres. Es curioso como, cuando te gusta alguien, todo lo que estaba en tu mente desaparece". Sin embargo, en los créditos de A Rush of Blood to the Head se puede leer la frase "The Scientist is Dan" ("El científico es Dan"). "Dan" hace referencia a Dan Keeling, un empleado de los estudios A&R que también trabaja en Parlophone, la discográfica de Coldplay.
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